Il nido viene solitamente costruito in prossimità di ricche zone umide; entrambi i sessi contribuiscono alla formazione della struttura, che viene ingrandita ed allargata di anno in anno (Nardi & Sailler, 1984); in alcuni casi le dimensionisuperano anche il metro e mezzo di diametro ed i due metri d’altezza. Il materiale utilizzato è composto soprattutto da grandi e robusti rami secchi, intrecciati con altri di minori dimensioni, mentre la lettiera all’interno viene ricoperta di materiale soffice e morbido, come alghe o posidonia (Posidonia oceanica) (Massa, 1987).
La selezione del sito di nidificazione richiede molto impegno ed attenzione, in quanto la struttura deve essere facilmente raggiungibile dall’alto e consentire le difficili manovre di atterraggio.
In Corsica viene costruito lungo coste rocciose a picco sul mare, in genere in cima a guglie o creste scoperte ad altezze che possono raggiungere anche i cento metri (Thibault & Patrimonio, 1992).
Nell’Europa settentrionale invece la specie nidifica sugli alberi; in Scozia il 70% dei nidi sono costruiti sulla cima di pini silvestri (Pinus silvestris) (Dennis, 1991). Il sito deve permettere una buona visibilità sul territorio circostante ed un’efficace protezione dai predatori terrestri. Gli individui nidificanti in ambiente antropizzato, non disdegnano l’utilizzo di pali della luce, torri, tralicci dell’alta tensione o piattaforme artificiali. Nel periodo riproduttivo, il maschio emette dei caratteristici versi acuti compiendo ampi volteggi e portando prede alla femmina. Generalmente le femmine che ricevono più cibo dal proprio partner, sembrano essere più recettive e meno disposte ad intraprendere eventuali copule extraconiugali (Mougeot et al, 2002), anche se non sempre gli accoppiamenti sono associati alla consegna del pesce (Green & Krebs, 1996). Le copule della coppia si ripetono per un lungo periodo, circa 45 giorni, e con grande frequenza. All’atto, il maschio atterra gentilmente con i tarsi e gli artigli socchiusi sul groppone della femmina mantenendosi in equilibrio precario con vigorosi battiti d’ali. Se la femmina è recettiva, si assiste al contatto cloacale ed al trasferimento dello sperma. In caso contrario si ha il fallimento del tentativo di copula, cosa questa, molto comune soprattutto tra i giovani. I Falchi pescatori sono monogami e raramente le coppie si dividono; la poliginia è occasionale. Dopo gli accoppiamenti, per tutto il periodo dell’incubazione e della cova, la femmina viene nutrita esclusivamente dal maschio che dopo aver mangiato la parte anteriore delle sue prede, porta il restante al nido. La deposizione delle uova, che varia con la latitudine, avviene generalmente tra i 10-30 giorni dopo l’arrivo ai siti di nidificazione; vengono deposte da 1 a 3 uova di colore bianco con chiazze brune-vinacee del peso circa di 80 grammi. La schiusa si ha dopo circa 6 settimane ad intervalli di 48 ore l’una dall’altra. Di solito l’ultimo nidiaceo è notevolmente più piccolo e meno aggressivo degli altri e spesso va incontro ad una morte prematura, soprattutto in caso di scarse disponibilità trofiche. Trascorsi dieci giorni, i nidiacei acquistano una certa mobilità e a 2 settimane compaiono le prime piume; ad un mese d’età hanno già raggiunto il 70%-80% del loro futuro peso corporeo e a pochi giorni dall’involo i pulli intensificano la loro muscolatura alare esercitandosi regolarmente con ampi flaps. Il primo involo si ha a 50-60 giorni di vita, generalmente in Giugno-Luglio, ma lo svezzamento durerà ancora per un altro mese circa durante il quale i giovani faranno più volte ritorno al nido e continueranno a nutrirsi di pesci portati dai genitori.
Successivamente inizia l’erratismo giovanile in cui si registrano spostamenti verso zone di caccia limitrofe fino al momento della prima migrazione. Nei primi anni di vita la mortalità è molto alta e può raggiungere oltre il 50% nel primo anno, mentre si stabilizza attorno al 30% negli anni successivi. La maturità sessuale viene raggiunta intorno al terzo anno di vita (Poole, 1989).